O Prêmio Ciências no Ensino Médio teve início em 2003. A ação se constitui na seleção, classificação e premiação de projetos escolares exemplares e inovadores, de investigação científica nas diferentes áreas do conhecimento. Esses projetos devem ser promovidos e executados por alunos regularmente matriculados no ensino médio em escolas da rede pública de ensino, sob a supervisão de professores.

Entre os objetivos do Prêmio Ciências, estão: estimular e socializar as práticas de investigação científica nas escolas da rede pública; valorizar as escolas públicas que se destaquem por iniciativas e experiências inovadoras e bem-sucedidas destinadas ao desenvolvimento da formação científica dos alunos e incentivar o desenvolvimento de projetos escolares de investigação científica nas diferentes áreas do conhecimento.

As inscrições para o Prêmio Ciências no Ensino Médio têm caráter institucional, ou seja, somente são aceitos projetos homologados pela direção da escola a que pertencem os alunos responsáveis e os professores orientadores do projeto. Cada escola só pode inscrever um projeto, no entanto, são aceitas inscrições de projetos oriundos de grupo de escolas, mas as escolas associadas não podem participar do concurso com a inscrição de outro projeto.